衛生署對有關人民之自由與權利，雖得以法律或法律明確授權之行政 法規加以適當的限制，惟必須合乎比例原則、明確性原則等法規。若人民之行為不悖於公序良俗且不違反強制禁止規定，而現行相關法規亦無禁止中醫診所設立民俗 調理之規定，依「依法行政」之精神之法律優位，法律保留之原則觀之，自不宜對憲法所保障之基本權如自由權工作權等加以不當之限制。中醫診所設置非屬醫療行 為之自費民俗調理區，目前合乎眾多基層民眾的就醫需要，衛生署以相關行政命令予以封殺否定， 有違大法官會議釋字第404號、大法官釋字 第525號及行政程序法第5條第10條等。當然，全聯會理監事會之決議，甚或全國代表大會之決議，更不得對人民基本權利加以打 壓或設限。
依據有關法理：
1. 依大法官會議釋字第404號解 釋：「憲法第15條規定人民之工作權應予保障，故人民得自由選擇工作及職業，以維持生計。惟人民之 工作與公共福祉有密切關係，為增進公共利益之必要，對於人民從事工作之方法及應具備之資格或其他要件，得以法律為適當之限制，此觀憲法第23條規定自明。」大法官會議解釋位階等同憲法，為國家之根本大法；因此衛生署當依大法官會議解釋之指示，對於 工作與人民健康、公共福祉有密切關係之推拿師業務，為增進公共利益之必要，對於其所應具備之資格或其他要件，初步可以一系列適當行政命令或行政規章加以規 範而非夾殺，逐步作有效之管理，同時應與立法機關研討規定其法定考試及格標準之法案草擬，使之最終具備法定之地位，方為上策。
2. 依信賴保護原則之適用係指人民於符合信賴保護原則之要件下，行政機關就授益行政處分或行政法規之廢止，須衡公益與私利之輕重後，決定採 取存續保護或財產保護，或訂定過渡條款以茲因應，俾人民得以預見並遵從，此即大法官釋字第525號解釋文之旨趣。
3. 衛生署於民國97年7月18日 以衛署醫字第0970029781號作出函示：「推拿行為仍應由中醫師為之，或指示各該醫事人員，依其專門職業法律之規定協 助處理。」其中「各該醫事人員」範圍為何？經查醫師法、藥師法、護理人員法、物理治療師法等專門職業法律規定，並無任何可協助中醫師推拿業務之相關規定， 衛生署此函示內容指涉模糊，有違行政程序法第5條之 法律明確性原則：「行政行為之內容應明確」；同時，於相關醫事人員法律未作任何授權之前，衛生署實不得逾越母法之授權而作函示。此外，在立法機關三讀通 過，經總統公佈相關法律前，衛生署在未得任何法源授權之下，逾越其行政裁量之界限為中醫師指定其協助之「各該醫事人員」為何，衛生署違背行政程序法第10條規定： 「行政機關行使裁量權，不得逾越法定之裁量範圍，並應符合法規授權之目的」。
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